Mochizuki Bunko -kokoelmassa on n. 2000 nidettä  Japania käsittelevää tietokirjallisuutta sekä japanilaista kaunokirjallisuutta. Suurin osa teoksista on japaninkielisiä, mutta muillakin kielillä julkaistua kirjallisuutta löytyy. Teoksia on suomeksi, englanniksi, ranskaksi, saksaksi sekä venäjäksi. Kokoelmassa on lastenkirjallisuutta, taidetta ja antropologiaa sekä historiaa ja kielitiedettä. Kokoelman teokset ovat lainattavissa. Aineisto on luetteloitu valtakunnalliseen Finna -järjestelmään ja aineistoa voi varata kaukolainaksi oman paikallisen kirjaston kautta.
Kokoelman pääosa on saatu lahjoituksena Tokion Finn-Nichi Kyokai ystävyysseuralta. Kokoelma on nimetty jo edesmenneiden Yukinaga ja Fumi Mochizukin mukaan,  joiden aloitteellisuus kirjaston alkuvaiheessa oli merkittävä.